Peníze na labskou vodní cestu dosud poskytly stát z rozpočtu, Státní fond dopravní infrastruktury a Evropská unie. Ministerstvo dopravy přitom podle prezidenta NKÚ Františka Dohnala nevymezilo v koncepčních dokumentech všechny akce, jejich rozsah, finanční potřebu a čas realizace. Hodnocení stavby pak podle něj mnohdy vycházela z nevěrohodných, nedostatečně doložených a změněným podmínkám neodpovídajících vstupních údajů.
Důvodem posunutí termínu stavby bylo podle Dohnala to, že se nepodařilo získat potřebná rozhodnutí a povolení k zahájení stavby. V původních termínech tak podle něj nebudou dokončeny především klíčové akce, a to stupeň v Přelouči a plavební stupeň Děčín. "Jejich dokončení je však jednou z podmínek k dosažení předpokládaných přínosů u řady dalších akcí," uvedli kontroloři.
NKÚ také zjistil dílčí nedostatky u většiny akcí realizovaných Ředitelstvím vodních cest České republiky (ŘVC). "Neujasněnost technického řešení jedné z akcí ŘVC vedla ke zvýšení předpokládaných nákladů o 366 procent na 915 milionů korun a k odsunu předpokládaného termínu realizace minimálně o dva roky," uvedl Dohnal. Kontrola tako odhalila, že ŘVC uzavřelo smlouvu s dodavatelem stavby, ačkoliv nemělo potřebná rozhodnutí a povolení.
Celkem kontroloři od května do listopadu 2008 prověřovali 14 akcí za celkem 962 milionů korun. Kontrole NKÚ podrobil ministerstvo dopravy, Státní fond dopravní infrastruktury, Ředitelství vodních cest České republiky a státní podnik Povodí Labe.