Proti pěstování geneticky modifikovaných plodin naopak dlouhodobě vystupují ekologické organizace. "Existují důkazy, že pěstování některých GM rostlin v přírodě způsobuje úhyn larev motýlů a jiného užitečného hmyzu. Vznikají 'super-plevele'," uvedla Magdalena Klimovičová z hnutí Greenpeace. Za hlavní rizika GM plodin označila jejich možné toxické vlastnosti a možné alergenní reakce, zvýšení spotřeby pesticidů nebo vznik odolných škůdců či virových chorob.
Podle profesora Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy Jaroslava Drobníka jsou při genetických úpravách přenášené geny přirozené, v přírodě vzniklé a nevnášejí do přírody nové geny. Použití GM plodin podle něj má naopak pro životní prostředí pozitivní dopady. "Snižuje chemizaci zemědělství, šetří půdu a vláhu a snižuje výjezdy zemědělské techniky," uvedl Drobník.
"Zákaz pěstování GM plodin je politická, nikoliv vědecká záležitost," řekl Drobník, podle nějž EU používala odpor obyvatel ke GMO jako antiimportní bariéru.
Evropská unie pěstování geneticky modifikovaných plodin regulovala koncem 90. let, v roce 2006 jako první modifikovanou plodinu povolila kukuřici. Pěstitelé ale musejí dodržovat pravidla, která se týkají evidence osetých ploch a zvláštního značení produktů. Musejí také modifikovanou kukuřici pěstovat v předepsané vzdálenosti od ostatních plodin, aby nemohla nastat jejich mutace.
V EU se loni plocha osetá Bt-kukuřicí odolnou proti škůdci zavíječi, jedinou v unii povolenou GM plodinou, dostala na 107.719 hektarů. V roce 2007 pěstovalo sedm zemí EU bez Francie, která loni pěstování Bt-kukuřice zakázala, tuto plodinu na 88.673 hektarech. Ve Francii to předloni bylo na více než 21.000 hektarech.
Rozloha polí s geneticky modifikovanou kukuřicí v České republice v loňském roce přesáhla 8000 hektarů. O rok dříve byla jejich plocha o více než 3000 hektarů menší. O 40 se také meziročně zvýšil počet pěstitelů této kukuřice. Hlavním důvodem zájmu českých farmářů o tuto plodinu jsou přetrvávající problémy se škůdcem zavíječem kukuřičným.