Státní správa může podle šéfa MMR ovlivnit především rychlost proplácení nákladů. Na ministerstvu se v současnosti připravuje systém, který by získávání dotací z EU zrychlil. Klíčové podle něj je, aby národní pravidla nebyla přísnější než unijní normy a neobracela se tak proti žadatelům o dotace. "Máme ten systém připraven a půjdeme ho zkonzultovat do Bruselu. Pokud bude schválen, může se na národní úrovni velmi rychle rozběhnout," poznamenal Vondruška.
Ani tento krok však podle ministra nevyřeší problém se spolufinancováním příjemců dotací. "Banka půjčí bonitnímu klientovi a rozhoduje se sama, kdo je bonitní klient," řekl. Například Svaz průmyslu a obchodu ale již dříve kritizoval banky za to, že kvůli finanční krizi nechtějí půjčovat ani na spolufinancování evropských projektů. V některých zemích EU sice existují státní garance za úvěry určené na spolufinancování projektů, jejich zavedení pro firmy v Česku však podle Vondrušky ještě není na pořadu dne. "To jsou věci dlouhodobé a nevím, jestli je vůbec v horizontu této vlády něco takového řešit," dodal ministr.
Evropská komise plánuje podle aktuálního vydání týdeníku European Voice dočasné zrušení národního spolufinancování pro roky 2009 a 2010. Země se dosud musí do financování projektů samy zapojit - v závislosti na fondu a ekonomických podmínkách daného státu 15 až 30 procenty z celkových nákladů na projekt. Podle Vondrušky se však zatím vážně diskutuje jen o zmírnění pravidel pro poskytování prostředků z rozpočtu EU.
Ministerstvo pro místní rozvoj je v Česku ústředním koordinátorem využívání evropských fondů. Z nich může ČR získat v rozpočtovém období 2007 až 2013 až 26,7 miliardy eur. Už současnosti se však podle Vondrušky plánují jednání o podobě dotací po roce 2013, kdy začne nové rozpočtové období. Zatím to však prý nebudou jednání o částkách, ale hlavně o oblastech, kam budou evropské peníze směřovat.