Novela zákona původně měla jiný účel, a to zvýhodnit některá biopaliva. Formou daňové úlevy u spotřební daně má podpořit vysokoprocentní a čistá biopaliva první generace i biopaliva vyráběná z nepotravinářských komodit.
Návrh na část emisních povolenek zdarma se do novely dostal během projednávání ve sněmovně. Vznesl ho předseda hospodářského výboru Oldřich Vojíř, exministr průmyslu Martin Říman (oba ODS) a stínový ministr průmyslu ČSSD Milan Urban. Proti jejich návrhům protestovali zástupci ekologických organizací, například představitelé Greenpeace.
Poslanecký návrh předpokládá, že ministerstvo životního prostředí vyzve do konce letošního října výrobce elektřiny, aby mu předložili potřebné podklady. Firmy na to budou mít čas do konce března příštího roku. Předkládat budou mimo jiné plán investic do vybavení a čistých technologií v objemu odpovídajícím nejméně předpokládané tržní hodnotě bezplatně přidělených povolenek. Alespoň polovinu z toho musí investovat do 31. prosince 2011.
Ministerstvo pak předloží vládě tyto návrhy nejpozději do 30. června příštího roku a kabinet je poté nechá posoudit Evropské komisi.
Návrh již ve sněmovně kritizovali bývalí ministři Martin Bursík a Miroslav Kalousek, který označil přijetí úpravy za výlučně lobbistické rozhodnutí. Podle Bursíka návrh připraví stát v letech 2013 až 2020 o celkem 68 miliard korun, které dostane ČEZ. Snížení výrobních nákladů formou povolenek zdarma nepovede k levnější elektřině, dodal Bursík.
Ministr financí Eduard Janota ale senátory žádal, aby návrh schválili i s návrhem týkajícím se emisních povolenek. Pokud by ho totiž Senát vrátil sněmovně, podle ministra by ho už na zářijové schůzi poslanci nestihli schválit.