Obří suma nahrává kritikům projektu, kteří mimo jiné varovali, že nebývale rozsáhlá stavba překročí rozpočet. Další obavy vyvolal ekologický a sociální dopad stavby, jejíž projekt se zrodil před téměř 20 lety. Když byl v roce 1992 oficiálně schválen, měl stát 57 miliard jüanů, v přepočtu 8,35 miliardy dolarů.
Celkové náklady v domácí měně dosáhly 254,2 miliardy jüanů, jen infrastruktura stála téměř 185 miliard. Jsou v tom zahrnuty náklady na výstavbu hráze, gigantické plavební komory, aby přes hráz mohly projíždět lodě, a 26 generátorů na výrobu elektřiny. Nalézt domovy pro přestěhované lidi stálo dalších 69,3 miliardy jüanů, napsala agentura Reuters.