Rozpočet fondu má několik částí. Stát přispěje 36 miliardami, stejná suma přiteče do SFDI z evropských fondů. Na předminulém zasedání vláda schválila navýšení o dalších 12 miliard korun z prodeje dluhopisů, rovněž 12 miliard Kč získá fond z úvěru od Evropské investiční banky.
Celý výnos z dluhopisů dostane Ředitelství silnic a dálnic, celkem přes něj proteče na výstavbu a údržbu 62 miliard. Správa železniční dopravní cesty dostane celkem 29 miliard korun. Na výstavbu a údržbu vodních cest se počítá se dvěma miliardami.
Podle ministra dopravy Gustáva Slamečky chybí rozpočtu přes rekordní sumu k ideálnímu stavu dalších zhruba 20 miliard z národních zdrojů.