Ke zrychlení čerpání dotací dle ministerstva přispěla také předloni schválená novela vodního zákona. Ta dává mimo jiné státu možnost vyvlastnit v případě veřejného zájmu pozemek potřebný pro protipovodňové opatření. Tento fakt funguje jako určitá hrozba, což urychluje jednání s vlastníky. Jednou z překážek pro realizaci úprav byla v minulosti nechuť vlastníků pozemků dohodnout se na odprodeji.
Během první etapy hlavního programu, Podpora prevence před povodněmi, která se uskutečnila v letech 2002 až 2007, bylo realizováno 435 akcí zejména v oblastech zasažených povodní v roce 1997, tedy na řekách Moravě a Odře a v povodí horního Labe. Stavby ochránily před povodněmi více jak 200.000 obyvatel. Celkovou hodnotu ochráněného majetku ministerstvo vyčíslilo na 245 miliard korun. Efekty současné druhé etapy programu budou vyhodnoceny až poté, co v roce 2013 skončí.
Již v současné době ministerstvo zvažuje třetí etapu programu po roce 2013. Ta by měla být zaměřena na posílení schopnosti zadržovat vodu podél vodních toků a využití prostorů k řízeným rozlivům v poldrech včetně úprav v krajině.
Od roku 2003 stát podpořil 3,3 miliardami korun také odbahňování a rekonstrukci rybníků a výstavbu vodních nádrží. V první etapě programu, v letech 2003 až 2007, na tyto účely směřovalo 2,1 miliardy korun. Od roku 2007 do konce loňského roku pak 1,2 miliardy. Zhruba 2,8 miliardy je v rámci programu připraveno na následující čtyři roky. Oba hlavní programy jsou doplněny o realizaci pozemkových úprav, které mají pomoci s přípravou staveb. Na ně má v letech 2007 až 2013 jít celkem miliarda korun.
Peníze na oba protipovodňové programy mají být z převážné části uhrazeny z úvěru, které stát získal od Evropské investiční banky. Část nákladů pokryjí výnosy z privatizace státního majetku, na financování se podílí také státní rozpočet, územní rozpočty a fondy EU.
Velká voda způsobila od roku 1997 do loňska na území České republiky škody za téměř 150 miliard korun a stála život 112 lidí. "Po extrémní povodni na Moravě v roce 1997 bylo zřejmé, že povědomí o existenci povodní bylo ve všech oblastech života státu nepřípustně redukováno," stojí v Informaci o realizaci protipovodňových opatření v ČR za rok 2009, kterou ministerstvo v příštím týdnu předloží vládě. V důsledku toho nebyla dle MZe společnost připravena na povodňové katastrofy, z čehož pramenila významná opomenutí a nesystémovost v rozvoji území podél vodních toků v předchozích téměř 100 letech bez významných povodní.