Prostředky by měly být navýšeny přesunem peněz z programu na podporu obnovy, odbahnění a rekonstrukce rybníků a výstavbu vodních děl. Peníze mají místo toho být použity na pozemkové úpravy související s protipovodňovými stavbami.
Během první etapy protipovodňového programu byly v Česku v letech 2002 až 2006 investovány čtyři miliardy korun. V současnosti je již připravována jeho třetí etapa. Podle statutárního náměstka ministra zemědělství Karla Turečka se finanční výhled pro ni pohybuje mezi 20 a 25 miliardami korun.
Materiál byl podle MZe připravován už od letošního ledna, tedy nezávisle na aktuálních povodních. Návrh bylo třeba nejprve projednat s Evropskou investiční bankou, z níž je program primárně financován. Banka dle MZe již návrh odsouhlasila.