Na agentury Freddie Mac a Fannie Mae tvrdě dopadla finanční krize, která odhalila slabiny ve způsobu jejich fungování. Od roku 2007 mají agentury vysoké ztráty, což ovlivnilo i kurz jejich akcií. Ty se už více než 30 obchodních dnů prodávají za méně než jeden dolar, takže burza podle svých pravidel emitenty vyzvala, aby kurz podpořili, a pomohli tak akciím vrátit se nad hranici jednoho dolaru, anebo aby burzu opustili.
Fannie Mae a Freddie Mac patří mezi polostátní firmy a jejich struktura se stala předmětem kritiky především v posledních letech, kdy vrcholila finanční krize. Agentury kupují hypotéky, které takzvaně "balí" do dalších produktů a jako dluhopisy je prodávají investorům. Dohled na agenturami vykonává americký Federální úřad pro financování bydlení.
Americká vláda na základě zvláštního zákona schváleného v Kongresu vzala obě agentury v září 2008 pod svou plnou kontrolu. Američtí daňoví poplatníci do obou institucí zatím vložili zhruba 145 miliard dolarů (přes tři biliony Kč). Podle vlády bylo důležité udržet je v činnosti, aby trh bydlení pomohly znovu nastartovat.
Agentury Freddie Mac a Fannie Mae společně vlastní či garantují hypoteční úvěry k téměř 31 milionům nemovitostí v hodnotě asi 5,5 bilionu dolarů (zhruba 115,3 bilionu Kč). To je přibližně polovina všech hypoték, které byly v USA vydány. V době silného růstu cen nemovitostí, což bylo zhruba do roku 2005, obě instituce uvolnily pravidla pro získání hypotéky, což se jim později tvrdě vymstilo.