Na výměnu systému podle serveru tlačí ředitel SZIF Tomáš Révész i přesto, že se záměrem nesouhlasí vedení fondu a údajně také odstupující ministr zemědělství Jakub Šebesta. Před možnou ztrátou evropské akreditace varuje i auditorská zpráva, kterou má server Euro.cz k dispozici. Přechod na nový informační systém se navíc značně prodraží. Během tří let může SZIF za služby zaplatit až o 1,5 miliardy korun navíc.
Fond předpokládá, že nadále bude pokračovat současný systém dodávaný společností SAP. Souběžně bude firma Fujitsu Siemens Computers vyvíjet nový systém využívající produktů společnosti Microsoft. Do ostrého provozu má být spuštěn v závěru roku 2013. Ředitel Révész chce k výměně dodavatele využít rámcové smlouvy na poskytování produktů Microsoft, kterou uzavřelo ministerstvo vnitra pod vedením Ivana Langra (ODS) se společností Fujitsu.
Tento postup, s nímž nesouhlasí Révészovi náměstci, důrazně nedoporučil rovněž interní audit SZIF. Auditorská zpráva upozorňuje na enormní riziko odebrání akreditace platební agentury, zastavení toku dotací z EU a systémové sankce od unijních orgánů. Audit jednoznačně doporučuje vypsat otevřené výběrové řízení k vytvoření výhodnějších a transparentnějších podmínek.
Nestandardně byla podle serveru před sedmi lety vybraná také firma SAP. S odvoláním na časovou tíseň vypsal tehdejší ministr zemědělství Jaroslav Palas zkrácené výběrové řízení, díky kterému SAP dostala téměř půlmiliardovou zakázku. Fond veřejně neuvádí, kolik jí ročně platí za provoz systému, podle Euro.cz to má být v jednotlivých letech kolem 400 až 600 milionů korun.
Dotace, zejména z evropských zdrojů, jsou v současnosti důležitým zdrojem příjmů tuzemských zemědělců. České zemědělství je zejména díky evropským dotacím od vstupu do unie ziskové. Loni fond zprostředkoval dotace do zemědělství ve výši 40,5 miliardy korun, což bylo zhruba o 11,5 miliardy meziročně více.