Fungování penzijního fondů se řídí především zákonem o penzijním připojištění, kromě něj pak dalšími všeobecně platnými zákony, jako jsou např. obchodní zákoník, zákon o opatřeních proti legalizaci výnosů z trestné činnosti, zákon o ochraně osobních údajů a další.
Penzijní fond může vzniknout pouze jako právnická osoba se sídlem na území České republiky. Pro jeho založení je potřeba založit akciovou společnost se základním kapitálem nejméně 50 mil. Kč. Základní kapitál musí být splacen pouze peněžními vklady a v plné výši ještě před podáním žádosti o povolení k činnosti penzijního fondu k Ministerstvu financí. Kromě toho je potřeba splnit řadu dalších povinností (předložit ke schválení vypracované stanovy, penzijní plán, doložit bezúhonnost členů statutárních orgánů a pod). Vzhledem k tomu, že v blízké budoucnosti v ČR nový penzijní fond pravděpodobně nevznikne, není zapotřebí se těmto věcem podrobně věnovat.
Důležitou činností při zakládání fondu je výběr depozitáře. Depozitář je banka, u které si musí penzijní fond vést všechny bankovní účty nebo podúčty, tj. účet pro přijímání a vracení příspěvků účastníků, poskytování a vracení státních příspěvků, financování činnosti penzijního fondu a pod. Peníze mohou být na účtu jiné banky pouze v případě, že jsou vloženy na vkladový účet a depozitář je informován. Objem prostředků na vkladových účtech bank však může činit maximálně 10 % majetku penzijního fondu.
Důležitou vlastností depozitáře je, že nesmí mít majetkové propojení (ani prostřednictvím dalších osob) s penzijním fondem, kterému dělá depozitáře. Ani jeho zaměstnanci nesmí figurovat ve statutárních orgánech penzijního fondu. Cílem je zabránit případným nelegálním operacím s penězi klientů penzijního fondu v rámci jedné finanční skupiny. Proto musí penzijní fondy využívat služby bank z konkurenčních finančních skupin.
Důležitými dokumenty ve vztahu mezi penzijním fondem a jeho klienty jsou Statut penzijního fondu a Penzijní plán. Jejich znění a případné změny musí, stejně jako depozitáře a jeho změnu, schvalovat Ministerstvo financí.
Statut penzijního fondu obsahuje především záležitosti spojené s fungováním penzijního fondu, tj. je zde uveden depozitář, způsob rozdělení zisku – pro klienty velmi důležitý údaj (už ze zákona o penzijním připojištění je povinen min. 5 % připadne do rezervního fondu, 10 % rozděluje valná hromada podle svého uvážení a zbylých 85 % musí připadnout účastníkům penzijního připojištění), zásady hospodaření penzijního fondu, zaměření a cíle investiční politiky a způsob zveřejňování zpráv o hospodaření penzijního fondu.
Penzijní plán upravuje produkty nabízené penzijním fondem, tj. jednotlivé nabízené penze, výši podmínky nároku na výplatu dávek, způsob výpočtu dávek apod.