Sdružení se s ministerstvem přelo o vydané územní rozhodnutí na stavbu skladu v areálu elektrárny. Vydal ho jihočeský krajský úřad v dubnu 2008. Proti němu podala občanská sdružení Jihočeské matky, Calla a V havarijní zóně Jaderné elektrárny Temelín odvolání, ve kterých namítala, že se krajský úřad při vydání územního rozhodnutí dostatečně nevypořádal s jejich námitkami. Ministerstvo odvolání občanských sdružení zamítlo, aniž by se podle Halamy jakkoli blíže a podrobně zabývalo jejich námitkami.
Sdružení V havarijní zóně Jaderné elektrárny Temelín podalo proti zamítnutí svého odvolání žalobu ke správnímu soudu. Podle něj mělo územní řízení zásadní nedostatky. Například nezhodnotil vlivy všech v místě působících jaderných zařízení na životní prostředí, přírodu, lidské zdraví a krajinu a nezabýval se hodnocením dopadů těžké havárie jaderného zařízení. Podle ministerstva byly všechny tyto námitky i námitky ostatních občanských sdružení řádně vypořádány a krajský úřad rozhodl v souladu s právními předpisy.
Městský soud ale uvedl, že ministerstvo námitky občanského sdružení nepřezkoumalo a ani se jimi věcně nezabývalo, i když mělo. Rozhodnutí ministerstva je podle soudu nepřezkoumatelné kvůli nevypořádání se s námitkami občanského sdružení, a proto toto rozhodnutí jako nezákonné soud zrušil.
Sklad začal Temelín připravovat v roce 2001. Období mezi tím trvalo povolovací řízení, stavbě skladu i provozování kontejneru předcházela také řada zkoušek a kontrol. Do skladu vyhořelého jaderného paliva energetici loni umístili první kontejner Castor, v němž je 19 vyhořelých palivových souborů. Do skladu se vejde 152 obalových souborů se 1370 tunami uranu. Sklad bude stačit na 30 let.