Podle serveru na nesrovnalosti u prvního programu upozornila Evropská komise, které se nelíbily konkrétní projekty. Popudem zásahu v dotačním programu na ministerstvu školství byla říjnová zpráva ředitele ministerského auditu Evžena Mrázka. Ten při kontrole zjistil, že úředníci rozdělují peníze málo efektivně, především z toho důvodu, že jich je málo. Ministr školství Josef Dobeš (VV) předtím třetinu úředníků odpovědných za výzkumný program propustil, na Mrázkovu zprávu tehdy reagoval propuštěním jejího autora.
Server uvedl, že MF může zabránit tomu, aby ministři v jiných resortech propustili ředitele svých auditů. Ministr financí Miroslav Kalousek (TOP 09) to nevyužil, po Mrázkově zjištění si však na Dobešovi vyžádal podrobné vysvětlení uvedených chyb.
Dočasné pozastavení certifikací výdajů podle serveru fakticky znamená, že Kalouskovi úředníci odmítají přijímat k dalšímu vyřízení projekty, které obě ministerstva proplatila. Teprve prostřednictvím MF zamíří projekty do EK, která proplacenou částku uhradí českému státnímu rozpočtu.
Jakob upozornil, že situace nemá vliv na financování projektů příjemců, které běží standardním způsobem. Ministři průmyslu i školství tedy mohou proplácet projekty ze svých peněz, nemají však jistotu, jestli něco dostanou zpátky. Jakob předpokládá, že certifikace výdajů bude obnovena v dohledné době, jakmile se nesrovnalosti v obou programech vysvětlí, napsal server Aktuálně.cz.