Přestavba železničního uzlu je největší stavbou Brna posledních desetiletí, obsahuje víc než 1000 stavebních objektů a podle občanské koalice Nádraží v centru jde o suverénně největší stavbu v ČR. Vyvolává kontroverze. Lidé v několik let starém referendu odsun nádraží z centra Brna odmítli.
Současná radniční koalice s účastí ČSSD a ODS stavbu podporuje s argumentem, že je rozpracovaná. Modernizace tratí s nádražím v centru by si prý vyžádala natolik složité změny územního plánu i dalších dokumentů, že by nebylo možné kvůli zpoždění na stavbu využít evropské peníze. Oponenti však tvrdí, že obří projekt, s nímž nesouhlasí značná část veřejnosti, se však prosadit nepodaří a evropské dotace tak do Brna nepřijdou.
Onderka dnes argumentoval aktuální přestavbou vídeňského nádraží. Podle něj šlo také o kontroverzní záměr, který ale radnice dokázala lidem vysvětlit. Vídeňané podle něj u staveniště postavili dočasnou vyhlídkovou věž, která se stala vyhledávanou atrakcí. "Seznamují občany s tím, co to přinese, v čem to bude lepší. Budeme se snažit tyto věci přenést do Brna," slíbil.
Investorem stavby je Správa železniční dopravní cesty. Dosud dokončila první etapu stavby nového odstavného nádraží. Součástí investice za 3,3 miliardy korun byla například myčka kolejových vozidel a silniční podjezd pod tratí, který spojuje Sokolovu a Bohunickou ulici.
Přestavba brněnské železniční křižovatky měla podle původních plánů začít v roce 2006. Už dřív vydané územní rozhodnutí zrušil soud o dva roky později.