Kalousek začátkem května uvedl, že dohoda mezi kraji a Fischerovou vládou není právně závazná a že je připraven dotace zrušit nebo výrazně omezit. Kraje reagovaly prohlášením, že jsou připraveny vymáhat plnění dohody soudně. Kalousek nakonec slíbil zachovat dotace v původní výši, pro příští roky ale plánuje vládě navrhnout redukci dotace krajům o 600 milionů na dvě miliardy korun ročně.
"Memorandum nelze považovat za pouhé prohlášení či politickou dohodu, neboť jeho účastníci se nepochybně chtěli zavázat ke vzájemnému plnění, a to v rovině právní," uvedlo ministerstvo dopravy v předkládací zprávě pro vládu. Podle ministerstva dopravy je dotace pro letošní rok navíc zahrnuta přímo v rozpočtu, z čehož je zřejmé, že její poskytnutí je povinností plynoucí přímo ze zákona.
Na krácení dotací si stěžovali zejména dopravní odboráři, podle kterých hrozilo radikální omezování dopravní obslužnosti a následné propouštění nadbytečných zaměstnanců Českých drah. Údajně by kvůli takovémuto výpadku ve financování mohlo dojít k redukci regionálních spojů až o třetinu.
Rozdíl mezi platbami krajů a skutečnými náklady na poskytování dopravní obslužnosti v roce 2009 podle Českých drah činil tři miliardy korun a dopravce je hradil z příjmů z nákladní dopravy a z prodeje majetku.