"Je potřeba dotáhnout sociální aspekty celé změny, aby v SŽDC nevznikly dvě kategorie zaměstnanců," řekl E15 Šmerda.
Převodem takzvané živé dopravní cesty, tedy například výpravčích, signalistů, hláskařů, hradlářů nebo závorářů, má být završen proces transformace české železnice. Návrh exministra dopravy Víta Bárty na přesunutí 9500 zaměstnanců Českých drah do SŽDC schválil počátkem února Nečasův kabinet, proti převodu se staví železniční odboráři.
Tzv. mrtvá dopravní cesta, tedy samotné koleje a údržba, přešla pod SŽDC v létě 2008.
Státní organizaci České dráhy na dnešní České dráhy a.s. a SŽDC rozdělila v lednu 2003 tehdejší vláda. Dalším krokem bylo oddělení nákladní dopravy do samostatné dceřiné společnosti ČD Cargo v prosinci 2007. Hlavním argumentem pro tyto kroky bylo zvýšení efektivity v podobě snížení nákladů a zvýšení výkonů a tržeb. Vláda rovněž hovořila o liberalizaci železničního trhu a zprůhlednění podnikatelského prostředí na české železnici. Smyslem změn bylo i vytvoření rovných podmínek na dráze pro všechny dopravce, uváděli tehdy vládní představitelé.
Nyní ministerstvo dopravy uvažuje o vzniku železničního holdingu, ve kterém by se České dráhy se Správou železniční dopravní cesty znovu propojily.