Komise kritizuje například rozevírání nůžek mezi ekonomickým výkonem Prahy a ostatních tuzemských regionů. Problémem pro EK je také střídání vedoucích pracovníků v řídicích orgánech operačních programů, přes které do Česka proudí dotace z EU. "Lidé se mění po každých volbách, manažeři programů by také neměli být napojení na politické strany," uvedl Engwegen.
Podle náměstka ministra pro místní rozvoj Daniela Brauna bere Česko kritiku vážně. "Ne všechno je ideální, ale věci už řešíme," řekl úředník z MMR odpovědný za oblast evropských fondů. S komisí se už prý například úřad dohodl na opatřeních posilujících stabilitu pracovníků v operačních programech. Regiony podle Brauna dostanou také za úkol vytvářet dlouhodobější strategie rozvoje.
Česko bude chtít po roce 2013 peníze z unie hlavně na zvýšení konkurenceschopnosti ekonomiky, rozvoj páteřní infrastruktury a na zvyšování kvality a efektivity veřejné správy. Unijní zdroje mají být určené také na podporu sociálního začleňování, boj s chudobou nebo na systém péče o zdraví.
Návrh těchto rozvojových priorit nyní prochází meziresortním připomínkovým řízením, v červenci ho má dostat na stůl vláda. Náměstek Braun připouští, že návrh materiálu je zatím jen velmi obecný. "Když ale chybí evropská nařízení, něco jiného není ani možné," řekl na dnešní tiskové konferenci.
Dosud není jasné, kolik peněz bude mít Česko od roku 2014 v unii k dispozici. Zatím totiž chybí i návrh celého rozpočtu EU na toto období. Pravděpodobné ale je, že to bude méně než v aktuálním období, kdy může Česko získat z Bruselu zhruba 26,7 miliardy eur. To je podle současného kurzu asi 649 miliard korun.
V příštím rozpočtovém období lze také očekávat, že se v Česku zmenší počet operačních programů, přes které žadatelé dotace získávají. Ambicí ministra pro místní rozvoj Kamila Jankovského také je, aby se čerpání unijních prostředků zjednodušilo.