Předloha má mimo jiné umožnit ministerstvu rozhodnout, že projekt, u kterého se předpokládalo spolufinancování z rozpočtu EU, bude financován pouze ze státního rozpočtu. Vláda změnu zdůvodňuje tím, že tok peněz z těchto fondů nastavila unie často bez ohledu na národní legislativu. Proto je nutné sladit český zákon tak, aby čerpání peněz nebránily administrativní překážky.
Sněmovna na návrh poslance ODS Michala Doktora odmítla úpravu svého rozpočtového výboru, aby státní peníze pro kraje, obce a vysoké školy byly vedeny na účtech u České národní banky s cílem zpřehlednit tok veřejných prostředků. Největší protesty to vyvolalo u starostů, hejtmanů či rektorů, kteří to vnímají jako zásah do svých pravomocí.
"Mám za to, že je tady řada zásahů, nejen v oblasti kompetenčního zákona, ale i možná kolize s ústavou," řekl ČTK Doktor. Podle něho by se změna týkala zhruba 214 miliard korun, které by náhle zmizely z účtů komerčních bank a přesunuly se do centrální banky. Proti změně se postavily i vládní Věci veřejné, podle nichž by to zkomplikovalo přístup obcí k jejich účtům.
Novela má po zásahu poslanců naopak umožnit, aby o prominutí alespoň části odvodu za porušení rozpočtové kázně nebo penále mohl provinilec požádat nikoli ministerstvo financí, ale Generální finanční ředitelství. Novela umožňuje uložit nižší odvod za porušení rozpočtové kázně v případě, že provinění nemělo vliv na použití peněžních prostředků k účelu dotace a na efektivitu čerpání.
Předloha také zpřesňuje definici neoprávněného použití peněžních prostředků, umožňuje pozastavit vyplacení části dotace v případě podezření na porušení rozpočtové kázně a odstraňuje nerovný přístup k příspěvkovým organizacím při ukládání odvodu a penále za porušení rozpočtové kázně.
Novela rovněž řeší situace, kdy posílí kurz koruny vůči euru a při vyplácení dotací vznikne kurzová ztráta. Ze státního rozpočtu se budou vyplácet zálohy na kurzové rozdíly, které bude možné čerpat, pokud ztráty z kurzu koruny převýší případné kurzové zisky. Další novinkou v zákoně má být možnost přenesení dotace ze žadatele, který změnil svoji právní formu, na právního nástupce v případech slučování nebo naopak rozdělování firem.