Novela má také zjednodušit registraci nových ekologických zemědělců včetně zrušení tisícikorunového správního poplatku za podání žádosti o registraci. Návrh také ministerstvu zemědělství nově umožní ukládat kontrolním organizacím dohlížejícím nad ekofarmáři v případě zjištěných pochybení pokuty až do čtvrt milionu korun.
Ekologičtí zemědělci se již dnes musí podřizovat speciálním kontrolám svého hospodaření. Mohou si přitom vybírat, která ze tří ministerstvem pověřených institucí je bude kontrolovat. Nejsou-li s kontrolní organizací spokojeni, mohou v budoucnu přejít k jiné.