Senátoři rovněž navrhli sladit v obecných rozpočtových pravidlech a v pravidlech územních rozpočtů termín, od kterého se má počítat penále za porušení rozpočtové kázně. Nově by se mělo počítat ode dne následujícího po dni, kdy měl příjemce dotace odvod uhradit. Bez sjednocení by se podle senátora Jaroslava Doubravy (Severočeši.cz) penále v případě krajských dotací počítalo ode dne připsání dotace na účet příjemce.
Novela umožňuje uložit nižší odvod za porušení rozpočtové kázně v případě, že provinění nemělo vliv na použití peněžních prostředků k účelu dotace a na efektivitu čerpání. Předloha má také umožnit, aby o prominutí alespoň části odvodu za porušení rozpočtové kázně nebo penále mohl provinilec požádat nikoli ministerstvo financí, ale Generální finanční ředitelství.
Ministerstvo bude moci podle novely rozhodnout, že projekt, u kterého se předpokládalo spolufinancování z rozpočtu EU, bude financován pouze ze státního rozpočtu. Vláda změnu zdůvodnila tím, že tok peněz z těchto fondů nastavila unie často bez ohledu na národní legislativu. Proto je nutné sladit český zákon tak, aby čerpání peněz nebránily administrativní překážky.
Předloha také zpřesňuje definici neoprávněného použití peněžních prostředků, umožňuje pozastavit vyplacení části dotace v případě podezření na porušení rozpočtové kázně a odstraňuje nerovný přístup k příspěvkovým organizacím při ukládání odvodu a penále za porušení rozpočtové kázně.