Hospodaření agentury poškozují nízké úrokové sazby a pokles cen domů, které zvyšují objem nesplácených hypoték. Z posledních 17 čtvrtletí Fannie Mae vykázala zisk jen jednou, a to ve čtvrtém čtvrtletí loňského roku. Zisk způsobila jednorázová platba od Bank of America.
Fannie Mae spolu s menší agenturou Freddie Mac vlastní či garantují téměř 31 milionů úvěrů na bydlení v hodnotě více než pět bilionů USD. To je zhruba polovina všech hypotečních úvěrů, které byly v USA vydány. Spolu s dalšími federálními agenturami v loňském roce podpořily téměř 90 procent nových hypoték.
Obě agentury byly těžce zasaženy krizí na hypotečním trhu. Americká vláda se proto v září 2008 rozhodla převzít nad nimi kontrolu. Daňoví poplatníci za záchranu obou firem zaplatili již zhruba 169 miliard USD, a jejich záchrana je tak nejdražší pomocí státu poskytnutou firmám postiženým finanční krizí. Vláda odhaduje, že do konce roku 2014 bude jejich pomoc stát daňové poplatníky po odečtení vyplacených dividend 220 miliard USD. Fannie Mae doposud na dividendách zaplatila 17,2 miliardy USD.
Fannie Mae a Freddie Mac kupují hypoteční úvěry od bank a dalších úvěrových institucí. Ty pak jako balíčky přemění na obligace pojištěné proti nesplácení, které nabízejí investorům po celém světě.