Po roce 1989 počty koní v tuzemsku klesaly. Od roku 1996 se však počet koní v ČR stále zvyšuje a jejich chov se těší rostoucí oblibě zejména coby aktivita pro volný čas. Koně se tak v Česku chovají převážně ke sportovním a zájmových účelům. Nezanedbatelná část je ovšem stále využívána jako hospodářská zvířata, zejména při práci v lese, v chráněných oblastech a národních parcích.
"Co se týče skladby plemen, je u nás nejrozšířenějším plemenem všestranně využitelný český teplokrevník, který tvoří téměř třetinu z celé populace koní v naší zemi chovaných," řekl ČTK mluvčí MZe Jan Žáček. Druhým nejčastěji chovaným plemenem je anglický plnokrevník, jehož využití se dnes neomezuje již jen na dostihový sport.
Ačkoli stavy dvou nejpočetnějších plemen v posledních letech neustále narůstají, jejich procentuální zastoupení klesá na úkor nárůstu koní bez plemenné příslušnosti. Meziplemenní kříženci tak již tvoří 27 procent v Česku chovaných koní. "Jedná se trochu o daň vzrůstajícího počtu koní a s tím spojenou menší odbornou erudovaností nových chovatelů," podotkl Žáček. Zástupci chovatelských asociací si před časem posteskli, že koní v Česku přibývá zejména díky jejich dovozům ze zahraničí.
Další příčky v početnosti plemen zaujímají v Čechách a na Moravě tradiční chladnokrevná plemena jako například českomoravský belgický kůň a norik. "Jejich stavy mají v posledních letech mírně klesající tendenci, zejména z důvodu zúžené možnosti využití těchto plemen co se v současnosti moderních aktivit týče," uvedl mluvčí.
V Česku se dále tradičně chovají také starokladrubský kůň, halfling či huculský kůň. Roste obliba velšských plemen pony a kob, protože se stala velmi oblíbená v takzvaném pony sportu pro děti a mládež. V oblasti šlechtění je v ČR nyní činných 12 uznaných chovatelských sdružení, která realizují své šlechtitelské programy.
Vývoj stavů koní v ČR podle ústřední evidence koní Období Počet kusů 06/2003 41.240 12/2003 43.725 06/2004 45.797 12/2004 49.512 06/2005 52.150 12/2005 54.956 06/2006 56.721 12/2006 59.165 06/2007 60.605 12/2007 63.196 06/2008 64.126 12/2008 66.671 06/2009 68.160 12/2009 71.223 06/2010 71.353 12/2010 73.932 06/2011 75.027