SZIF se ve správním řízení hájil tím, že použití jednacího řízení bez uveřejnění je odůvodněné výlučnými autorskými právy vybrané firmy. Nikdo jiný podle fondu předmět zakázky nemohl splnit, což údajně vyplývá ze smlouvy mezi SAP ČR a ministerstvem zemědělství z roku 2003.
ÚOHS v rozhodnutí uvedl, že zákonné podmínky pro použití jednacího řízení bez uveřejnění naopak splněny nebyly. Vyjmenoval zejména technické důvody. "Zadavatel sám uvedl, že hodlá dodavatele vybrat v otevřeném řízení," uvedl ve svém rozhodnutí ÚOHS. Podle úřadu argumentace fondu "nevylučuje možnost změny dodavatele informačního systému".
"Nezákonné vyloučení principu soutěže je jedním z nejzávažnějších porušení zákona, jehož hlavním cílem je zajištění účinné konkurence a efektivní hopspodářské soutěže," uvedl ÚOHS ve svém rozhodnutí. Verdikt úřadu je pravomocný. Fond proti němu může podat žalobu ke Krajskému soudu v Brně.