Například směna pozemků v případě Radějovské obory byla podle NKÚ pro stát nevýhodná a pochybily při ní jak LČR, tak ministerstvo zemědělství. Jak úřad uvádí, směnily LČR víc než 1000 hektarů uceleného komplexu lesa v Chráněné krajinné oblasti Bílé Karpaty s fyzickou osobou a výměnou za ně dostaly pozemky roztříštěné po devíti katastrálních územích celé ČR. Některé pozemky přitom podle kontrolorů nešlo směnit, protože šlo o strategický a neprodejný pozemek nebo o pozemky hraničící se Slovenskem.
Lesy i ministerstvo tak podle NKÚ zvýhodnily zájem soukromé osoby před veřejným zájmem. Majitelem obory se stal bývalý majitel firmy Hamé Leoš Novotný, který byl předtím nájemcem obory.
Případ Radějovské obory se řešil v roce 2009 i v Poslanecké sněmovně, kde kvůli ní interpelovali tehdejšího úřednického premiéra Jana Fischera poslanci Walter Bartoš (ODS) i Ivan Ohlídal (ČSSD). Fischer slíbil, že bude apelovat na ministra zemědělství Jakuba Šebestu, "aby tomu věnoval zvýšenou pozornost".
Úřad dále zjistil, že Lesy například zaplatily za pronájem kancelářského nábytku 810.000 korun, ale jeho hodnota byla jen 191.000 korun. Lesy si také pronajaly kanceláře, za jeden rok za ně na nájemném zaplatily 859.000 korun, ale nevyužívaly je.
Úřad zjistil i další chyby v hospodaření, mimo jiné v nákupu majetku nebo služeb. Například v roce 2008 Lesy nakoupily dva automobily Audi A6 za celkem 2,6 milionu korun, ale koupily je na základě dvou samostatných kupních smluv. Tím podle úřadu porušily zákon, protože rozdělily jednu zakázku do dvou menších.
Ministerstvo zemědělství také podle závěru nevědělo, že generální ředitel firmy působil souběžně jako místopředseda představenstva akciové společnosti, jejíž předmět podnikání byl v některých činnostech shodný s podnikáním LČR. Zákon o státním podniku přitom takový souběh funkcí neumožňuje, podotýká NKÚ. Z informací v kontrolním závěru vyplývá, že jde o současného ředitele Svatopluka Sýkoru.
V kontrolním závěru stojí, že generální ředitel na dotaz NKÚ odpověděl, že při nástupu do své funkce ústně informoval tehdejšího ministra zemědělství Petra Gandaloviče (ODS), a ten mu prý souhlas udělil. Ministerstvo však podle NKÚ uvedlo, že o udělení souhlasu žádné informace nemá.
Úřad také zjistil, že dozorčí rada firmy zasedala v letech 2009 a 2010 devětkrát v pronajatých hotelových prostorách. Za pronájmy těchto prostor zaplatila firma v uvedeném období celkem 359.000 korun. Lesy také od dubna 2008 do června 2009 vyplatily 225.000 korun za poradenské služby určené předsedovi dozorčí rady. Podle NKÚ však není z proplacených faktur ani dalších dokladů zřejmé, za co konkrétně LČR poradci platily.