Kalivoda vedl kontrolu NKÚ v Lesích ČR. Kontroloři například zjistili, že podnik porušil ve dvou případech zákon o veřejných zakázkách, a to u nákupu vozů pro vedení podniku a u zakázky na dražby zbytného nemovitého majetku. NKÚ měl výhrady i k dalším postupům státních lesů. Lesy ČR, které spravují polovinu lesů v zemi, závěry kontroly NKÚ odmítly.
Lesům ČR vadí zejména Kalivodovo vyjádření k údajnému nehospodárnému nakládání s majetkem státu a porušování zákona o veřejných zakázkách. Například v TV Nova Kalivoda uvedl, že některé zjištěné nedostatky jsou tak závažné, že je NKÚ analyzuje zvažuje trestněprávní odpovědnost. Kalivoda také nevyloučil podání trestního oznámení.
Kalivodova vyjádření podle Lesů ČR nemají oporu v kontrolním závěru NKÚ. Podnik je podle Boublíka považuje "za způsobilá hrubě porušit práva osob jednajících jménem Lesů ČR a tím i Lesů ČR samotných". Lesy ČR proto podle něj podaly orgánům činným v trestním řízení podnět k prošetření celé věci v trestním řízení.
ry jpt