Nově zákon upravuje podřízení účtů některých právnických osob souhrnnému účtu státní pokladny, který je veden v České národní bance. Všechny účty v ČNB by tak měl vést Pozemkový fond České republiky, státní fondy, příspěvkové organizace. Povinně by měly vést účet pro příjem dotací u ČNB územní samosprávné celky, dobrovolné svazky obcí, regionální rady regionů soudržnosti, veřejné výzkumné instituce, veřejné vysoké školy a Správa železniční dopravní cesty.
Nově novela zavádí omezení, kdy může každá organizační složka státu mít pouze jeden příjmový rozpočtový a jeden výdajový rozpočtový účet. Ministerstvo financí však kvůli složité vnitřní organizační struktuře může povolit výjimku. Dosud mohly mít jednotlivé státní instituce a ministerstva více rozpočtových účtů.
Novela zákona upravuje také sestavování rozpočtu Poslanecké sněmovny, Senátu, Kanceláře prezidenta republiky, Ústavního soudu, Nejvyššího kontrolního úřadu a Kanceláře veřejného ochránce práv. Zákon mění také sestavování státního rozpočtu a čerpání peněz při rozpočtovém provizoriu.
Se zařazením některých účtů do systému státní pokladny nesouhlasí kraje. "S Českou národní bankou trvá rozpor ohledně ověřování veškerých hotovostních operací, operací platebních karet a účtování cen za poskytnuté platební služby Českou národní bankou," píše se v materiálu.