Podle pravidel EU musí každý operační program do konce roku 2012 požádat EK o zpětné proplacení zhruba 31 procent peněz, které má v období 2007-2013 v Bruselu k dispozici. Když to úředníci nestihnou, nevyčerpané peníze pro příslušný rok propadnou a vrátí se do unijního rozpočtu.
Se splněním pravidel může úřadům pomoci také započítání předběžných plateb, které už z unie získaly, nebo zvláštní způsob započítání velkých projektů. Operačním programům Životní prostředí, Podnikání a inovace, Vzdělávání pro konkurenceschopnost, Technická pomoc, Integrovanému operačnímu programu a části programu Lidské zdroje a zaměstnanost ale podle MMR zatím nepomůže ani to.
Program Životní prostředí, který řídí ministerstvo životního prostředí, zatím požádal Evropskou komisi o proplacení jen 7,5 procenta z částky, kterou má do konce roku 2013 k dispozici. Stejný ukazatel programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost činí 8,2 procenta.
Ministerstvo místního rozvoje se k riziku ztráty části evropských peněz vyjadřuje opatrně. "Z analýz, které má MMR k dispozici na základě pravidelného vyhodnocování stavu čerpání, je možné říci, že by na konci roku 2012 nemělo dojít ke ztrátě přidělené alokace," řekla ČTK mluvčí ministerstva Jana Jabůrková.
Splnění pravidel pro objem čerpání dotací závisí podle MMR také na obnovení zpětného proplácení dotací z Evropské komise do většiny tuzemských operačních programů. Přísun peněz z Bruselu se na žádost české vlády zastavil v březnu. Tomuto kroku předcházela kritika EK, které se mimo jiné nelíbilo nastavení tuzemského auditního a kontrolního systému dotací.
Vláda se snaží situaci napravit postupnou realizací akčního plánu, jehož součástí je například přesun auditu dotací na ministerstvo financí. Toto opatření začne platit od začátku roku 2013. Většinu dalších opatření chce kabinet uskutečnit do července, následně jejich úspěšnost prověří EK.
V období let 2007 až 2013 může Česko získat z Bruselu podle aktuálního kurzu uváděného ministerstvem pro místní rozvoj 778,5 miliardy korun. Celkem úřady proplatily příjemcům dotací od roku 2007 do začátku května 333,8 miliardy korun.