Zvýšením poplatků za dopravní cestu o zhruba 100 milionů korun chtěl Dobeš pokrýt část z 300 milionového výpadku ve státní dotaci. Podle ředitele Drážního úřadu Pavla Kodyma nařízení nesplňovalo zákonnou podmínku o oznámení zvyšování cen za železnici alespoň s ročním předstihem, a tak je zrušil. Proti tomu se odvolala Správa železniční dopravní cesty (SŽDC), která železnice v ČR spravuje.
Zrušení chystaného zdražování kraje ocenily. Podle plzeňského hejtmana a stínového ministra dopravy za ČSSD Milana Chovance je tak alespoň dočasně zažehnáno krácení objednávky vlaků, které by s sebou zvýšení sazeb přineslo. Připomněl, že kraje považují závazek vlády posílat krajům 2,6 miliardy korun na železniční dopravu ročně za závazný.
Memorandum o státní podpoře regionálních železnic podepsala úřednická vláda Jana Fischera. Kromě krajů na její platnosti trvá ministerstvo dopravy, které chtělo nechat smlouvu potvrdit v poslanecké sněmovně. Podle ministra financí Miroslava Kalouska ale smlouva právně závazná není. Kalousek tak financování pro letošní rok o 300 milionů korun snížil.
Na výpadek financování se podle Dobeše měly složit České dráhy, SŽDC a formou zvýšení poplatku za použití kolejí i kraje. Celkem za objednávku železniční dopravy zaplatí kraje zhruba osm miliard korun za rok.