Automobily mají v databázi například špatně uvedené majitele a nesedí jejich technické parametry, jako objem motoru či barva karoserie.
Kvůli chybám se vzájemně obviňují ministerstvo vnitra, které registr dřív provozovalo, a ministerstvo dopravy. Podle náměstka ministra vnitra Radka Šmerdy za chybná data může ministerstvo dopravy. Chybné údaje o vozidlech se prý do databáze dostaly přenosem dat z původního registru.
Šmerda upozornil, že původní databáze se s takovýmto množstvím nedostatků nepotýkala. "Tam byla chybovost v řádu promile a chyby se staly pravděpodobně při tom, jak se přesouvala ta data," řekl. Se současným počtem chyb, kdy lidé zjišťují, že nemají zapsané auto, ale například vozík, by ani starý registr vozidel nemohl fungovat. Navíc by se takovéto nesrovnalosti musely při návštěvách lidí na registračních pracovištích pravidelně objevovat, což se nedělo, dodal.
Ministerstvo dopravy naproti tomu tvrdí, že řada věcí je prokazatelně způsobena v minulosti, kdy úředníci některá data do databáze neuváděli. Podle Drobného se například běžně stává, že se v registru často objevuje jako datum prvního vydání technického průkazu 1.1. 001, což podle něj dokazuje, že je úředník v minulosti nevyplnil. I v takovémto případě jde ale podle Šmerdy chyba za ministerstvem dopravy, které ručí za obsah databáze od roku 2002. Ministerstvo vnitra od té doby odpovídalo jen za technologickou podporu.
Ministerstvo dopravy chce po dodavatelské firmě ATS - Telcom za nefunkční registr vymáhat pokutu. Její výše se bude odvíjet také od toho, kdy dodavatel kompletně zajistí bezproblémový provoz. Podle smlouvy je možnost požadovat dva miliony korun za každý den, kdy systém nefunguje správně. Software pro nový registr stál 37 milionů korun. ATS - Telcom Praha zakázku získala od ministerstva dopravy bez výběrového řízení. Dalších 32,4 milionu korun má ministerstvo zaplatit za provoz registru.