Vláda měla nad oběma agenturami kontrolu vždy, neboť Fannie Mae i Freddie Mac byly polostátní organizace. Část jejích akcií ale byla volná k obchodování na burze. Z trhu ale zmizely už před dvěma lety.
Ministerstvo financí podle agentury Reuters oznámilo, že agentury budou muset objem portfolia snižovat tempem 15 procent ročně. Dosavadní dohoda s ministerstvem počítala s desetiprocentním tempem ročně.
Na obě obří hypoteční agentury tvrdě dopadla finanční krize, která odhalila slabiny ve způsobu jejich fungování. Agentury měly od roku 2007 vysoké ztráty a úřady po finanční krizi jejich představitele obvinili, že zkreslovali informace o hodnotě nabízených cenných papírů.
Právě organizační struktura agentur s účastí státu se za finanční krize stala předmětem kritiky. Agentury kupují od bank hypotéky, které takzvaně "balí" do dalších produktů a jako cenné papíry je prodávají investorům po celém světě.
Americká vláda na základě zvláštního zákona schváleného v Kongresu vzala obě agentury v září 2008 pod svou plnou kontrolu. Američtí daňoví poplatníci do obou institucí vložili miliardy dolarů, což bylo podle vlády nutné k tomu, aby agentury nepřestaly fungovat. Po krizi totiž měly pomoci znovu nastartovat realitní trh.
Agentury Freddie Mac a Fannie Mae v době největšího rozmachu vlastnily či garantovaly hypoteční úvěry k téměř 31 milionům nemovitostí v hodnotě asi 5,5 bilionu dolarů (zhruba 111,5 bilionu Kč). To byla zhruba polovina všech hypoték, které byly v USA vydány.
V době silného růstu cen nemovitostí, což bylo v USA zhruba do roku 2005, obě instituce uvolnily pravidla pro získání hypotéky. To se jim ale později tvrdě vymstilo.