"Byly zvažovány i možnosti zřízení FAÚ jako samostatného úřadu podřízeného pouze vládě, případně jako samostatného úřadu v rámci ministerstva financí, ale konečný efekt takových řešení by nebyl adekvátní nákladům, které by s tím byly spojeny," uvádí MF v důvodové zprávě. Zároveň přiznává, že snahou zákona je i vyloučit možnost politického zneužití úřadu.
V případě podávání informací vládě a poslancům by podle návrhu neměly zprávy obsahovat osobní údaje šetřených osob a neměly by se týkat případů, v nichž FAÚ dosud neukončil šetření.
FAÚ má za úkol především bojovat proti praní špinavých peněz a financování terorismu. Shromažďuje například informace o podezřelých transakcích a spolupracuje s policií. Finanční analytický útvar loni zajistil přes 808 milionů korun. O rok dříve to bylo 287 milionů korun. Útvar loni podal 256 trestních oznámení.
Útvar je součástí celosvětové sítě takzvaných finančních zpravodajských jednotek zřízených pro boj proti praní špinavých peněz a financování terorismu. Vedle toho je současně i koordinátorem uplatňování mezinárodních sankcí.
FAÚ loni například i zjišťoval toky peněz od firmy Promopro, která v době českého předsednictví EU zajišťovala pro stát zakázku na audiovizuální služby, kterou se zabývá protikorupční policie. Prověřoval také majetkové poměry poslance Věcí veřejných Michala Babáka a podle médií i někdejšího ministra zemědělství a nynějšího moravskoslezského hejtmana Jaroslava Palase (ČSSD).