Premiér Petr Nečas v červenci řekl, že na rozdíl od minulého monitorovacího systému bude aktuálně vypsaný tendr plně otevřený a transparentní.
Fungování současného monitorovacího systému doprovázely problémy. Úřad totiž uzavřel v roce 2001 smlouvu o provozu systému v rozporu s tehdy platným zákonem o zadávání veřejných zakázek. Právní vada tak uzavřela Česku cestu k financování systému z evropských fondů. Přibližně od roku 2008 proto MMR řešilo, zda vypsat nový tendr, či zůstat u stávajícího systému. Jeho provoz zajišťuje společnost S&T CZ.
Vlekoucí se problémy pak vyřešila úřednická vláda Jana Fischera, která rozhodla, že levnější bude zůstat u dosavadního systému než pořizovat nový. Letos ale Nečasova vláda schválila vypsání soutěže na nový systém.
Potížím se v Česku nevyhnulo ani samotné čerpání dotací. Evropská komise (EK) tuzemským úřadům vytkla zvláště nedostatky s kontrolou a auditem. Od března proto ministerstvo financí nežádalo Brusel o zpětné proplácení dotací, které stát příjemcům vyplácí nejdříve z vlastního rozpočtu.
EK ve druhé polovině července oznámila, že Česko uskutečněním takzvaného akčního plánu stav zlepšilo, a může tedy znovu žádat o proplácení dotací. Přesto ale evropské peníze dál na začátku července neproudily do sedmi z 18 operačních programů, které tuzemské úřady spravují. Komise s nimi totiž řeší podezření na různé nesrovnalosti zvlášť.