Nový úřad má nejen spravovat a prodávat státní zemědělský majetek, což nyní dělá fond, ale také vykonávat veřejnou správu v oblasti pozemkových úprav a restitucí. To nyní zajišťuje soustava pozemkových úřadů. Poslanci přijali návrh Jiřího Papeže (ODS), aby pozemkové úpravy řešily okresní pobočky zřizované krajskými pozemkovými úřady.
Sněmovna do předlohy na návrh zemědělského výboru začlenila zachování výhodnějšího splátkového režimu při koupi státní půdy i v případě jejího převodu na příbuzné nebo firmy, v nichž kupující figuroval. Na druhou stranu bude uzákoněna lhůta, v níž by zůstalo v platnosti předkupní právo státu na prodávané pozemky pro případ porušení podmínek prodeje.
Další schválené návrhy výboru reagují na církevní restituce, jejichž potvrzení ale Sněmovna po senátním vetu oddaluje. Jde například o to, že by církve neměly nárok na náhradu škody v případě, pokud byl pozemek po červnu 1991 s jejich souhlasem zastavěn a nelze jej vydat.
Někteří poslanci upozorňovali na to, že tato ustanovení odkazují na dosud neschválený zákon. Sněmovní právníci v tom však problém nespatřovali.
Pokud bude návrh zákona o Státním pozemkovém úřadu platit, podle důvodové zprávy klesne počet pracovních míst z 1695 na 1346 a mzdové náklady o 150 milionů korun. Na investicích by se příští rok ušetřilo 9,7 milionu korun, na provozu zhruba 69 milionů.
Nový úřad také bude moci finančně podporovat zemědělce, jak to dnes činí Pozemkový fond. Za dobu jeho existence čerpalo české zemědělství a venkov z fondu zhruba 12 miliard korun.
Fond spravuje státní nemovitý a movitý majetek v zemědělství, prodává a pronajímá půdu, převádí majetek státu na obce. Vznikl k 1. lednu 1992. V současné podobě, kdy je právnickou osobou zapsanou v obchodním rejstříku, má fungovat do konce roku 2012. K 1. lednu 2013 by se měl stát organizační složkou státu podřízenou ministerstvu zemědělství.