Rekonstrukcí projdou nástupiště olomouckého nádraží a v kolejišti bude vybudováno ještě jedno nové ostrovní nástupiště. Stavební firmy opraví starý podchod. Součástí stavby je také rekonstrukce kolejí v délce 13 kilometrů a mostů na příjezdové trase. Inovováno má být elektronické zabezpečovací zařízení a informační systém. Bezpečnost cestujících a provozu bude nově hlídat kamerový systém.
Po modernizaci budou mocí železniční stanicí Olomouc projíždět osobní vlaky rychlostí do 160 kilometrů v hodině a nákladní soupravy až 120kilometrovou rychlostí.