Podle ministerstva financí si ČR uvědomuje vážnost situace a chce řešit problémy. "Proto ČR začala koncem minulého roku intenzivně jednat s EK o krocích, které povedou ke zlepšení stavu. Výsledkem byl tzv. Akční plán, jehož plnění schválila v červnu EK a na jehož základě odblokovala financování některých operačních programů," uvedlo MF. Úřad zároveň zdůraznil, že zjištění týkající se auditů nemají za následek ztrátu dotací.
Kontroloři z Evropského účetního dvora hodnotili český audit podle deseti kritérií, jako jsou například organizační předpoklady nebo vyhodnocování chyb. Zjistili, že zprávy, které ministerstvo financí posílalo Evropské komisi, byly vyhodnoceny jako nespolehlivé, řekl Kinšt České televizi a ČTK.
Za chyby v kontrole auditů kritizovala Evropská komise Česko už na jaře. V reakci na to pak postupně zastavovala tok peněz do vybraných operačních programů. České straně uložila přijmout nápravná opatření. V červenci pak obnovila platby do většiny regionálních operačních programů a menších sektorových operačních programů. V říjnu proplatila 43 miliard u operačních programů doprava a životní prostředí, které jsou největší.
Evropští kontroloři uvedli, že čeští auditoři mají například "sníženou schopnost identifikovat chyby" nebo že neopodstatněně vylučují některé chyby z celkové chybovosti a označují je jako anomálii. Podle účetního dvora úřad významně podhodnocoval vykazovanou chybovost. Z toho i z dalších zjištění vyplynulo, že informace v jeho výročních kontrolních zprávách jsou nespolehlivé.
Kinšt však zdůraznil, že není pravda, že by účetní dvůr označil český auditní orgán za nejhorší v Evropě, ale potvrdil, že hodnocení "neúčinný" platí. Například v jednom z případů čeští auditoři vyčíslil při auditu chybovost čtyři procenta, zatímco ve skutečnosti byla 71 procent.
MF upozornilo, že negativní posudek ČR vychází z hodnocení stavu v roce 2011 a systému, který byl v té době nastaven a na jehož změně se již v době auditu započalo po dohodě s EK pracovat. "Auditoři zohledňovali ve svých výrocích dokonce i hodnocení některých vybraných aspektů roku 2010, jejichž zahrnutí do roční zprávy za rok 2011 není systémově správné," uvedlo MF.
Evropský účetní dvůr uvedl výhrady k 14 operačním programům a odhadl, že 11,4 procenta všech výdajů je rizikových. Evropští auditoři dospěli k závěru, že nevyhovují například zákony. Vadily jim nejasné formulace v zákoně o finanční kontrole i neustálé odkládání účinnosti služebního zákona. Vadilo jim také, že stát neprověřuje informace ve výročních zprávách Bezpečnostní informační služby týkající se možných nesrovnalostí. Nevyhovující je podle nich i problematika promíjení vyměřených pokut.
V rámci Akčního plánu se podle MF pracuje na centralizaci auditních činností, tedy na stažení auditorů z řídících orgánů na MF podle požadavku EK. Cílem je zajistit nezávislost auditu a zvýšit kvalitu práce.
"Dopadli jsme opravdu velmi nehezky," komentoval zprávu účetního dvora předseda výboru Vojtěch Filip (KSČM). Poslanci po vládě chtějí, aby přepracovala návrh novely zákona o finanční kontrole ve finanční správě, který je nyní ve Sněmovně před závěrečným schvalováním. Novela má kromě jiného zlepšit úroveň standardů pro kontrolu čerpání evropských peněz. Kontrolní výbor už jednou vládě doporučil, aby zákon vzala zpět a přepracovala.