MMR navrhuje vznik operačních programů s názvy Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost, Výzkum, vývoj a vzdělání, Doprava, Životní prostředí, Zaměstnanost, Praha-pól růstu ČR, Technická pomoc a Integrovaný regionální operační program. Poslední jmenovaný program má nahradit dosavadní regionální programy.
Podle původních plánů se měl státní příspěvek na podporu obnovitelných zdrojů v roce 2013 snížit na 9,7 miliardy z letošních 11,7 miliardy korun, což vyvolalo protesty zástupců průmyslu. I přes zachování letošní výše příspěvku ale podle propočtů ministerstva průmyslu a obchodu elektřina od ledna kvůli obnovitelným zdrojům zdraží.
Schválením novely zákona o finančních konglomerátech a doplňkovém dohledu by Česká národní banka získala další pravomoci ohledně dohledu nad finančními skupinami, které působí ve více oblastech finančního trhu. Změny požaduje Evropská unie.