Schvalovací proces se podle ministerstva dopravy zpozdil kvůli dodatečným informacím, které po české straně požadovala Evropská komise. Ta v minulosti poukazovala na celou řadu pochybení při výstavbě dopravní infrastruktury, kritizovala především neúměrně vysoký podíl víceprací, kvůli kterým se dopravní stavby neúměrně prodražily proti původně schváleným projektům.
Kvůli stížnosti Evropského účetního dvora ministerstvo dopravy na jaře 2011 pozastavilo proplácení dopravních projektů z operačních programů. Příliv peněz se do Česka obnovil teprve koncem října 2012 poté, co EU Česko potrestala odejmutím deseti procent (9,5 miliardy korun) z požadovaných dotací na dopravní stavby.
Vícepráce na stavbě pražského okruhu kritizoval i NKÚ. "ŘSD na své náklady realizovalo i práce, kterými zhodnotilo majetek jiných osob. V jednom případě představovaly náklady na realizaci požadavků nad rámec schválené dokumentace částku vyšší než 1,2 miliardy korun," uvedl úřad s tím, že stavbu prodražovaly například požadavky různých zájmových skupin a obcí v okolí stavby. Kvůli podezření ze spáchání trestného činu porušení povinnosti při správě cizího majetku, podvodu a zneužití pravomoci úřední osoby proto podal trestní oznámení.
Pokud by se tyto obvinění potvrdily, mohl by stát na dotacích přijít až o šest miliard korun. Brusel prý tuto dříve přislíbenou dotaci na pražský okruh neposkytne, pokud se prokáže porušení zákona o zadávání veřejných zakázek, uvedl dříve šéf Státního fondu dopravní infrastruktury Tomáš Čoček.
Jihozápadní část pražského okruhu mezi plzeňskou dálnicí D5 a brněnskou D1 byla uvedena do provozu v září 2010. Úsek dlouhý 23 kilometrů, jehož výstavba vyšla stát na téměř 23 miliard korun, definitivně propojila dálniční tahy ze západu na východ republiky.