NKÚ spočítal, že průměrné roční náklady na opravu a udržování jednoho automobilu byly v letech 2009 až 2011 u ředitelství SŽDC téměř 80.000 korun, což je o 241 procent víc než u jiných kontrolovaných složek této státní organizace. "Ředitelství si také některé vozy pronajímalo - v letech 2009 až 2011 za to zaplatilo tři miliony korun. I u těchto pronájmů kontroloři narazili na zbytečné utrácení. Nájemné se například odvíjelo od počtu dnů. SŽDC tak zaplatila za 436 dnů pronájmu jednoho auta 830.000 korun, přestože vůz skutečně jezdil jen 146 dnů," uvedl NKÚ.
Kvůli pochybením při nákupu a pronájmu osobních automobilů už podle ministerstva dopravy přijala SŽDC nápravná opatření. Jedním z nich je například vyhlášení výběrového řízení na sledovací systémy, aby se zamezilo využívání služebních vozů pro soukromé účely.
Náklady na provoz služebních vozidel ředitelství ale správa železnic obhajovala. Podle dřívějšího vyjádření Tomáše Drvoty z tiskového odboru SŽDC je rozdíl ve výdajích na generálním ředitelství a u dalších složek správy železnic pochopitelný, protože na ředitelství se pro manažery používají jiná vozidla, především Škody Octavia a Superb. Jejich údržba je přitom proti fabiím, které používají ostatní organizační jednotky, se kterými NKÚ srovnává, podstatně náročnější a dražší.