"Výsledek odpovídá prvnímu roku provozu, kdy přípravy a náklady trvaly celý rok, zatímco tržby z jízdného společnosti plynuly pouze od konce září," uvedl Ondrůj. První vlaky vyjely s cestujícím 26. září, zpočátku se na trase objevily tři páry žlutých vlaků. Až později společnost přidávala další spoje a plánovaného stavu devíti párů dosáhla po roce provozu.
Vedle počátečních nákladů, tedy platu personálu již před začátkem provozu, vybudování distribuční sítě či marketingových nákladů vysvětluje RegioJet ztrátu i cenovou politikou Českých drah, které po příchodu konkurence zlevnily jízdenky. Zlevnit tak musel i RegioJet, aby nepřišel o zákazníky. Zda šlo o predátorské ceny, jak se vyjádřil majitel společnosti Radim Jančura, už několik měsíců prošetřuje antimonopolní úřad.
V následujícím roce 2012, prvním kompletním roce provozu, cestovalo vlaky RegioJet 1,13 milionu pasažérů a obsazenost souprav s kapacitou 250 až 330 míst se pohybuje průměrně kolem 85 procent. České dráhy statistiky za jednotlivé tratě nezveřejňují. Vloni přišel na nejvytíženější českou trať další soukromý dopravce Leo Express. RegioJet jedná také o provozování vlaků na dalších dálkových trasách, nejblíže je dohodě s Deutsche Bahn na trati Praha - Hamburk.