Kromě úspor v řádu stovek milionů korun chce ministerstvo podle svých dřívějších vyjádření transformací ulevit také zemědělcům od přebujelých kontrol.
Zatímco v roce 2010 představovaly náklady obou institucí celkem 788,5 milionu korun, letos to má být 626 milionů Kč. Předpokládané náklady sloučené instituce v roce 2015 mají klesnout na 532 milionů Kč. Slučování si má v letech 2013 až 2015 vyžádat přímé a nepřímé restrukturalizační náklady 68,5 milionu Kč, vyplývá z materiálu.
SRS, která sídlí v Praze, chrání území ČR před zavlečením škodlivých rostlin, sleduje výskyt škůdců a chorob rostlin. Vede také evidenci chemikálií a mechanizace určených k ochraně rostlin.
ÚKZÚZ je správní úřad s centrálou v Brně a regionálními pracovišti. Jeho činnost stanovují předpisy Evropských společenství a zvláštní zákony, například zákon o vinohradnictví a vinařství, o krmivech, o oběhu osiva a sadby, o ochraně chmele nebo o hnojivech. Ústav mimo jiné provádí kontroly ekologického zemědělství.