NKÚ zkontroloval nejen ministerstvo pro místní rozvoj, které operační program Technická pomoc řídí, ale i Centrum pro regionální rozvoj ČR, jež přijímá, hodnotí a následně kontroluje konkrétní projekty. Kontroloři prověřili i sedm vybraných projektů za 390,5 milionu korun.
Podle NKÚ mělo ministerstvo už od roku 2007 špatně zvolený indikátor, kterým vyhodnocuje naplňování cíle programu. Podle NKÚ tak ministerstvu chybí ukazatel pro to, jestli byly peníze v programu vynakládány skutečně účelně a hospodárně. Centrum pro regionální rozvoj při výběru projektů k financování zase u některých projektů nesprávně hodnotilo jedno z věcných kritérií. Vyjádření úřadů ČTK zjišťuje.
Například zakázku za 300 milionů korun připravilo ministerstvo podle zjištění NKÚ tak nekvalitně a se zpožděním, že musela být zrušena. Později ministerstvo vypsalo další dvě výběrová řízení a v rámci jednoho z nich zaplatilo semináře pro příjemce evropských dotací. Kontroloři zjistili, že téměř polovinu účastníků tvořili lidé, kterým seminář nebyl určen.