Projekt na stavbu třetího a čtvrtého bloku elektrárny vyhověl podle ministerstva požadavkům z hlediska dopadů na životní prostředí. Zároveň ale úřad stanovil 90 podmínek, které musí energetická společnost ČEZ respektovat. Postup ministerstva od začátku kritizovali někteří ekologové. Nevládní organizace a veřejnost podaly k projektu přes 60.000 připomínek.
Aktivisté z občanského sdružení v žalobě k Městskému soudu v Praze prosazovali právní názor, že stanovisko ministerstva životního prostředí je samostatně přezkoumatelné ve správním soudnictví. Uplatnili také řadu námitek ke konkrétnímu postupu ministerstva. "Realizací tohoto záměru by došlo k zásahu do přírody, krajiny a ochrany zdraví a života osob," stálo v kasační stížnosti sdružení. Aktivisté ji podali poté, co žalobu odmítl pražský soud.
NSS ale názor Městského soudu v Praze potvrdil. Ekologové mohou uplatnit své výhrady až v dalších fázích řízení. Soudnímu přezkumu podle ustáleného rozhodování české justice podléhá až závazné rozhodnutí o stavbě.
Stavba třetího a čtvrtého bloku má být podle plánů hotova nejpozději v roce 2025, nadále ale trvají pochybnosti o její rentabilitě. O zakázku za odhadovaných 200 až 300 miliard korun se ucházejí česko-ruské konsorcium Škoda JS, Atomstrojexport a Gidropress, americko-japonská společnost Westinghouse a francouzská Areva, kterou ale ČEZ z výběrového řízení vyřadil. Antimonopolní úřad vyřazení potvrdil, Areva se ale obrátila ještě na předsedu úřadu.