Ministr zemědělství Miroslav Toman senátorům řekl, že transformace obou institucí "zajistí efektivnější chod státní správy v oblasti kontroly rostlinných komodit". Ministerstvo zemědělství tím chce ulevit také zemědělcům od duplicitních kontrol. Po sloučení by měla stačit jedna kontrola, která se zaměří na všechny záležitosti i v případech, kdy dosud kontrolovaly farmáře obě organizace.
Ministerstvo zemědělství si od změny slibuje mimo jiné zlepšení výkonu státní správy a snížení byrokratické zátěže. Roční rozpočet výsledné instituce by měl podle návrhu být v přespříštím roce takřka o třetinu nižší, než obou úřadů dohromady v roce 2010.
Státní rostlinolékařská správa, která sídlí v Praze, chrání území Česka před zavlečením škodlivých rostlin, sleduje výskyt škůdců a chorob rostlin. Vede také evidenci chemikálií a mechanizace určených k ochraně rostlin.
ÚKZÚZ je správní úřad s centrálou v Brně a regionálními pracovišti. Jeho činnost stanovují předpisy Evropských společenství a zvláštní zákony, například zákon o vinohradnictví a vinařství, o krmivech, o oběhu osiva a sadby, o ochraně chmele a o hnojivech. Mimo jiné kontroluje ekologické zemědělce.