Antimonopolní úřad, který je zřízen zákonem, existuje od listopadu 1996. Jeho úkolem je mimo jiné ochraňovat hospodářskou soutěž.
Kontroloři NKÚ prověřili majetek a finanční prostředky ve výši zhruba 1,8 miliardy korun. Při hospodaření s majetkem podle NKÚ zasílal ÚOHS výzvy k úhradě nedoplatku s velkou časovou prodlevou od termínu splatnosti pohledávky - například u pohledávky ve výši 6800 korun to udělal 43 měsíců po splatnosti, u jiné pohledávky ve výši 30.000 Kč 14 měsíců po splatnosti a podobně. V roce 2009 prý antimonopolní úřad zaúčtoval neexistující pohledávku ve výši 30.000 Kč. "V letech 2009 až 2012 tuto skutečnost při inventarizaci pohledávek nezjistil, neboť neověřil, zda skutečný stav pohledávek odpovídá stavu pohledávek v účetnictví," zjistili kontroloři.
Antimonopolní úřad podle nich také "účtoval o výdajích ve výši 86.760 Kč za elektřinu do účetního období roku 2010, přestože je uhradil až v roce 2011, a rovněž o předplatném časopisů ve výši 298.161 Kč v účetním období roku 2012, přestože předplatné uhradil až v roce 2013".
U některých zakázek malého rozsahu do výše 300.000 Kč bez DPH Úřad pro ochranu hospodářské soutěže dostatečně nezdokumentoval výběr dodavatele, zejména neuváděl nabídkové ceny jednotlivých dodavatelů. Ve dvou případech vrátil ÚOHS kauce za přezkoumání úkonů zadavatele později než v zákonem stanoveném termínu. NKÚ antimonopolnímu úřadu vytkl také to, že nehradil televizní poplatek ze čtyř televizních přijímačů umístěných v autech a neoznámil v zákonem stanoveném termínu změnu počtu televizních přijímačů.