Radu naopak opustí bývalí náměstci ministra dopravy Lukáš Hampl a Miloslav Hala, které Prachař krátce po svém nástupu na ministerstvo dopravy odvolal z funkce náměstků. Kromě nich ministr odvolal dva další členy rady Jiřího Nedomu a Petra Oršulíka.
Šestičlennou dozorčí radu Řízení letového provozu tvoří čtyři zástupci jmenovaní ministrem dopravy a dva zástupci zaměstnanců podniku. Na rozdíl od jiných organizací podřízených ministerstvu dopravy nerozhoduje dozorčí rada ŘLP o odvolání generálního ředitele. Toho může odvolat přímo ministr. Mezi pravomoci dozorčí rady patří schvalování účetní závěrky podniku a bere na vědomí investice do rozvoje firmy, dodal Klíma.
O možném odvolání šéfa ŘLP Jana Klase se spekulovalo během působení Prachařova předchůdce Zdeňka Žáka. Ten vedení ŘLP vyčítal příliš vysoké náklady na provoz podniku. Proti případnému odvolání Klase se ale postavily odbory leteckých dispečerů, které hrozily stávkou.
Státní podnik Řízení letového provozu České republiky vznikl v lednu 1995. Poskytuje veřejné letecké služby uživatelům vzdušného prostoru České republiky a na letištích Praha - Ruzyně, Brno - Tuřany, Ostrava - Mošnov a Karlovy Vary. V roce 2012 zvýšilo zisk o pětinu na 336 milionů korun.