Úřad se stal nedávno terčem kritiky za to, že nastavení Centrálního registru administrativních budov (CRAB) je neefektivní a nenaplňuje cíle projektu. CRAB má optimalizovat obsazenost budov ve vlastnictví ministerstev, porovnávat náklady na jednotlivé objekty, na umístění úředníků mezi institucemi a podobně.
Úkolem ÚZSVM je zastupovat Českou republiku v právních sporech týkajících se majetku státu. Úřad tak vystupuje především před soudy a rozhodčími orgány místo jiných organizačních složek státu. ÚZSVM rovněž jedná v právních sporech ve věcech majetku, s nímž sám hospodaří. V některých řízeních vystupuje ako žalobce, v jiných jako žalovaný.
Podle serveru Aktuálně.cz by měl ve funkci skončit také ředitel generálního ředitelství cel Pavel Novotný. Ministr financí Andrej Babiš (ANO) dnes ale podle Českého rozhlasu popřel, že by chtěl Novotného odvolat.