Kontroloři prověřovali závěrečný účet kapitoly státního rozpočtu týkající se ministerstva, účetní závěrku a finanční výkazy. "Účetnictví MMR nebylo v roce 2012 správné ani úplné. Ministerstvo totiž například nevykázalo zálohy na transfery ve výši 14,7 miliardy," sdělila Málková. Transferové platby jsou například výplaty dávek a důchodů a u MMR předfinancování evropských dotací.
Právě v případě transferů jsou ale podle NKÚ účetní předpisy nejednoznačné. "Předpisy lze vykládat různými způsoby. Různé výklady pak mohou vést k významně odlišnému zobrazení skutečností v účetní závěrce," uvedla mluvčí kontrolorů. "NKÚ nejednoznačnost účetních předpisů opakovaně kritizoval v několika předchozích kontrolách," doplnila. Kontrolní úřad ovšem ve zprávě o výsledcích prověrky zároveň upozornil, že chyby MMR mnohonásobně překročily stanovenou hladinu významnosti.
Ministerstvo v roce 2012 nesprávně vyúčtovalo například dlouhodobý majetek. Úřad odhalil i neúplnost účtů o bezúplatně nabytých licencích k informačním systémům Monit a Benefit nebo o odpisech majetku. "Kontroloři také zjistili, že ministerstvo porušilo rozpočtovou kázeň, když pod záštitou ministra poskytlo 3,2 milionu korun občanským sdružením, obcím, obchodním společnostem a jedné obecně prospěšné společnosti. Ministerstvo přitom podle platných právních předpisů takto peníze poskytnout vůbec nemůže. NKÚ toto porušení rozpočtové kázně nahlásil příslušnému finančnímu úřadu," oznámila mluvčí kontrolorů.