Rizika nedočerpání evropských dotací vyplývající z údajů platných ke konci roku 2012 (které NKÚ zkoumal) si je ministerstvo dopravy vědomo. V současnosti je ale podle ministerstva díky zesílené přípravě projektů v minulých letech vytvořen dostatečně široký zásobník staveb, které by měly pomoci všechny prostředky určené pro modernizaci železničních tratí nezahrnutých mezi hlavní evropské dopravní tahy (TEN - T) prostavět.
Ke konci roku 2012 poukázal NKÚ na skutečnost, že ze 393,5 milionů eur ( 10,84 miliardy korun) určených pro modernizaci této části dopravní sítě, bylo ze strany EU schváleno a zpětně proplaceno pouze 10,3 procenta peněz. Tento údaj se k březnu 2014 zvýšil na 33 procent reagovalo v materiálu pro vládu ministerstvo dopravy s tím, že celková hodnota 32 projektů, které resort předložil, umožňuje vyčerpat 8,5 miliardy korun. Dopravní resort přitom dotace z Operačního programu doprava I. může čerpat do konce příštího roku na ty stavební projekty, které se ještě během roku 2015 podaří dokončit.
Kromě pomalé přípravy staveb kritizovali kontroloři i praxi zadávání zakázek za vícepráce u již rozestavěných železničních staveb. Řadu stavebních prací nad rámec původního projektu totiž státní investor podle NKÚ zadal pouze na základě pokynů správce stavby, a to bez řádného výběrového řízení. Vícepráce byly navíc zadány stavební firmě velmi často až poté, co byly ve skutečnosti dávno provedeny, doplnil kontrolní úřad.
Podle ministerstva dopravy je ale nutné vzít v úvahu potřebu dokončit železniční stavby včas a neprodlužovat tak výluky na železnici. Argumentuje rovněž vyjádřením Úřadu pro ochranu hospodářské soutěže (ÚOHS) podle kterého není nutné položky víceprací zadávat samostatně a až po uzavření smlouvy začít se skutečnými pracemi, což by stavbu prodlužovalo.
cfr mal