Opravy střechy nad příjezdovou halou si vyžádají kompletní výměnu skleněných desek mezi žebrovím příjezdové haly a ocelové části konstrukce budou opatřeny novým nátěrem. Celá oprava za bezmála půl miliardy korun by měla být hotová do května 2017.
Rekonstrukce haly za provozu se podle SŽDC dotkne vlaků na celkem patnácti železničních linkách. Na Masarykovo nádraží budou odkloněny rychlíky na lince mezi Prahou a Děčínem. Dočasně bude rozdělena příměstská linka S7 spojující Beroun a Úvaly u Prahy s hlavním městem. Od února budou na hlavní nádraží zajíždět vlaky z Berouna, zatímco spoje z Úval budou končit a začínat na Masarykově nádraží.
Změny v odjezdových časech si pak vyžádá výluka například u dvou spojů soukromého dopravce Leo Express, o tři minuty dříve vyjede dvojice ranních spojů z Kralup do Prahy s běžným odjezdem v 6:24 a v 7:24. Posuny odjezdových časů se podle SŽDC projeví i u dalších spojů, správce železnice proto cestující vyzval, aby si pro jistotu jízdní řád vlaků zkontrolovali na internetových stránkách SŽDC případně osobně na železničních zastávkách.