Senátoři chtěli do výjimek z plateb zařadit krajské a obecní silnice zejména kvůli stavbě obchvatů malých měst a obcí. Pokud by byly schválena senátní verze, posílila by se taky role územních plánů při rozhodování o poplatcích. Nebyl by nutný souhlas úřadů k vynětí půdy z fondu, pokud by se jednalo o pozemky určené třeba pro stavby bydlení a takzvané občanské vybavenosti.
Sněmovna vyslyšela ministra životního prostředí Richarda Brabce (ANO), který senátní úpravy vesměs odmítl. Významně podle něho snižují ochranu zemědělské půdy. \"Musím konstatovat, byť nerad, že pokud by došlo ke schválení zákona s těmito návrhy, byl by poškozen smysl a cíl novely,\" uvedl Brabec. Senátor Radko Martínek (ČSSD) se proti tomu ohradil. Hospodaření s půdou je podle něho záležitostí územního plánu a řada úřadů může jeho změnám kvůli ohrožení půdního fondu zabránit.
O předloze se ve Sněmovně rozvinula poměrně dlouhá debata. Proti senátním úpravám se podle Michala Kučery (TOP 09 a Starostové) postavili i odborníci. Jmenoval komisi pro životní prostředí Akademie věd a Českou pedologickou společnost. Podle klubu TOP 09 a Starostů jsou ale špatné obě verze a jejich poslanci se hlasování neúčastnili. Předseda poslanců ANO Jaroslav Faltýnek podotkl, že rozumné senátní návrhy je možné řešit další novelou. Ministr zemědělství Marian Jurečka (KDU-ČSL) pokládá sněmovní znění za kompromis a podobně se vyjádřil Václav Zemek (ČSSD). Není to tak, že zákon brání další výstavbě a rozvoji, uvedl.
Naopak předseda poslanců ODS Zbyněk Stanjura označil za lepší senátní verzi, protože vychází vstříc samosprávám. Když už je v územním plánu výstavba umožněna, stát ji nezakáže, jen vybere další peníze, podotkl exministr zemědělství za ODS Petr Bendl.
Vláda novelou reagovala na zvýšení poplatků za vynětí ze zemědělského půdního fondu v roce 2011. Tehdy se platby za vynětí půdy zvýšily kvůli masivní výstavbě solárních elektráren a možným záborům zemědělské půdy. Podle vlády se tak zkomplikovaly některé investice. Nyní zůstanou současné základní sazby odvodů za vynětí. U půdy nejvyšší bonity se nově nebudou koeficienty ekologické váhy sčítat, ale použije se jedna nejvyšší hodnota. Cena za vynětí půdy se tak v ČR srovná s okolními členskými státy EU.
Nově má platit, že nejkvalitnější půdu v první a druhé třídě ochrany lze odejmout z fondu jen tehdy, kdy jiný veřejný zájem výrazně převažuje nad veřejným zájmem její ochrany. Platit se podle novely nebudou odvody za stavbu drah, pokud bude stavebníkem a následně vlastníkem stát, a u státních pozemních komunikací. Poplatkům nebudou podléhat ani cyklistické stezky, pokud budou v souladu s územním plánem.
Poslanci upravili při minulém rozhodování o vládní novele mimo jiné rozdělování peněz z odvodů. Podíl státního rozpočtu klesne ze 75 procent na 55 procent a podíl obcí vzroste z deseti na 30 procent.